بنیاد ابن سینا به‌عنوان یکی از نهادهای پیشرو در حوزه پژوهش‌های اسلامی و ایرانی، همکاری‌های علمی مستمری با دانشگاه‌ها، مراکز علمی و مؤسسات آموزشی و پژوهشی ایران و روسیه و دیگر کشورها داشته و همواره در حال گسترش و تقویت این همکاری‌هاست. این بنیاد با حمایت از پروژه‌های علمی، تألیف، ترجمه و چاپ آثار در زمینه‌های متنوعی همچون ایران‌شناسی، قرآن‌ و حدیث، تاریخ، فلسفه، عرفان و تصوف، هنر و ادبیات، فرهنگ و تمدن اسلامی، حقوق و اقتصاد اسلامی و... گام‌های مؤثری در راستای توسعه دانش و فرهنگ اسلامی برداشته است.
علاوه بر این، بنیاد با تولید و انتشار کتب آموزشی و درسی تخصصی در حوزه اسلام‌شناسی و ایران‌شناسی، نقش بسزایی در ارتقای سطح علمی دانشجویان و پژوهشگران ایفا می‌کند. از دیگر فعالیت‌های بنیاد برگزاری دوره‌های آموزشی با مشارکت اساتید روسی و ایرانی است. بنیاد ابن سینا از سال 2007 در فدارسیون روسیه فعالیت می‌کند.